법인세법상 특수관계자 간의 거래로서, 거래가격이 시가와 달라서 세금을 적게 내는 것으로 인정되는 때에는, 시가로 거래한 것으로 보아 계산된 법인세를 부과할 수 있다. 이를 부당행위계산 부인규정이라고 한다. 부동산의 고가 임차에 대한 사례를 보자.

A 법인은 특수관계자인 B 법인으로부터 산업단지 안의 공장을 임차해서 사용했다. 법인세 조사 결과 A는 특수관계기업에 고가의 임차료를 지급한 것으로 보아 과세당국은 실제 거래된 임차료를 부인하고 임차료를 시가로 거래한 것으로 보아 계산한 법인세를 매겼다. A는 최초계약 당시인 부동산 중개사무소 2곳에서 인근 부동산의 평균 임대료 시세를 확인한 다음 그 중간값을 임차료로 산정하였다고 주장했으나, 세무조사 당시 세무공무원들은 인근 부동산에서 유사한 임대사례가액을 찾지 못했다고 주장했다.

법인세법상 시가가 불분명한 때에는, 부동산 시가의 50%에 정기예금이자율을 곱한 금액을 임차료의 시가로 보도록 하고 있다. 하지만, A는 이를 인정하지 않고, 실제 거래한 임차료가 시가가 맞다고 주장해 조세심판원의 문을 두드렸다.

조세심판원은, 임대사례가 없는 경우에도 당해 부동산의 위치와 주위 환경, 이용상 실태, 사용 범위는 물론, 임대료를 형성하는 개별적인 요인과 인접 지역 내 다른 부동산의 임대가격 등을 종합적으로 검토하는 것이 합리적이라고 보았다. 따라서, 같은 부동산은 아니더라도 유사한 부동산이 많이 있으므로, 그 임차료를 비교하면 A의 거래가격이 시가에 맞는지 재조사하라고 판단했다.

법인세법상 임차료의 시가가 불분명한 경우 시가로 보는 금액은 부동산 시가의 50%에 정기예금이자율(현재 1.8%)을 적용하도록 하고 있으므로, 현실적인 시세를 반영하기 어렵고 대부분 시가가 낮게 평가돼 부당행위계산 부인규정에 걸리게 된다. 오히려 법인세법상 시가인 낮은 금액으로 거래해야 문제가 안 되는 구조인 것이다. 이러한 문제점을 인식하고, 조세심판원은 같지는 않아도 상당한 유사성이 있는 인근 부동산의 임차료 시세를 재조사하라는 현명한 판단을 내린 것으로 보인다.

위와 같이, 특수관계법인간 부동산 임대차를 할 때, 시가로 거래하기 위해서는 인근의 유사한 부동산의 임차료 시세를 조사했다는 확실한 증거서류를 갖추어 놓는 것이 좋다. 그렇지 못할 바에는 처음부터 법인세법에서 정해놓은 평가방법에 따른 금액으로 거래하는 것이 문제를 줄이는 방법이다.