한국 세무당국과 마이크로소프트(MS)의 6300억원 규모 법인세 반환 소송이 파기환송됐다.

10일 대법원 3부(주심 김재형 대법관)는 MS사와 자회사 MS라이센싱이 동수원세무서를 상대로 낸 경정거부처분 취소소송 상고심에서 원고 일부 승소 판결을 한 원심을 뒤집고 사건을 수원 고법으로 돌려보냈다.

앞서 MS는 2011년 7월 삼성전자로부터 안드로이드 기반 스마트기기 사업에 필요한 특허권 사용료(로열티)를 받는 내용의 계약을 체결했다.

이후 삼성전자는 2012년부터 2015년까지 MS라이센싱 명의의 계좌로 로열티를 지급하면서 한미조세협약 제14조 제1항에 따라 법인세를 동수원세무서에 납부했다.

4년 동안 삼성전자가 사용한 특허권 대가는 4조 3582억원이었고 동수원세무서에 납부한 법인세 원천징수액은 15%인 6537억원이었다.

이에 MS는 지난 2016년 동수원세무서에 "특허권 사용료 중 한국에 등록되지 않은 특허권에 대한 사용 대가 부분은 국내원천소득이 아니므로 원천징수된 세액은 MS에 환급돼야 한다"며 경정청구를 했다.

경정청구란 과다납부한 세액을 환급받는 것으로, 이 사건의 특허권 사용에 대한 법인세 원천징수액 6537억원 중 MS는 6344억원을 돌려달라고 요구했다.

그러나 동수원세무서는 경정거부처분을 내렸고 MS는 같은 해 10월 조세심판원에 심판청구를 했다. 조세심판원도 2017년 MS의 심판청구를 기각하면서 재판으로 넘겨졌다.

1심 법원은 한미조세협약을 기준으로 MS의 손을 들어줬다. 

1심 법원은 "국내에 등록되지 않은 미국법인의 특허권 등이 국내에서 제조·판매 등에 사용된 경우 미국법인이 그 사용의 대가로 받는 소득을 국내원천소득으로 볼 것인지는 한미 조세협약에 따라 판단해야 한다"고 봤다.

법인세법은 외국법인에 대해 국내원천소득이 있는 경우에만 법인세 납부의무가 있는 것으로 규정하고 있지만 국제조세조정에 관한 법률은 비거주자 또는 외국법인의 국내원천소득의 구분에 대해서는 조세조약을 우선 적용한다고 규정하고 있다.

재판부는 "한미조세협약 해석상 특허권이 등록된 국가 외에서는 특허권의 침해가 발생할 수 없다. 따라서 미국법인이 특허권을 국내에 등록하지 않은 경우와 관련해 지급받는 소득은 사용의 대가가 될 수 없다"며 동수원세무서가 거부한 경정 청구액 6337억원을 취소하라고 판결했다.

그러나 "이 사건 특허권 및 그 사용료를 실질적으로 관리하는 주체가 MS라고 하더라도 MS라이센싱의 경정청구권 행사에 따른 환급 세액의 귀속은 원고들 사이의 내부적인 분배 문제"라며 "MS는 별도의 경정청구권이 인정되지 않는다고 봐야 한다"고 말했다.

동수원세무서와 MS 모두 1심 판결에 불복해 항소했지만 2심은 항소를 기각하고 1심 판단을 유지했다.

[ 경기신문 = 이지민 기자 ]