기존에 영업하던 사업장을 그대로 양도·양수하는 경우를 사업양수도라고 한다. 일반적인 거래의 경우, 재화를 양도하는 사업자는 세금계산서를 발급하고 부가가치세를 거래 징수해서 신고납부하고, 재화를 양수하는 사업자는 거래 징수당한 부가가치세를 국세청으로부터 환급받는다.

사업양수도의 경우, 사업의 동질성 및 연속성이 그대로 유지되며 단지 사업자만 바뀌는 것이므로 부가가치세를 납부하고, 환급받는 절차는 행정력 낭비만 가져올 뿐이다.

따라서, 부가가치세법에서는 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 포괄사업양수도는 과세거래로 보지 않도록 하고 있다. 따라서, 사업양도인은 세금계산서를 발행해서는 안 된다.

문제는 사업양수도가 포괄사업양수도인지 일반 과세거래인지 명확하지 않은 경우이다.

일반 거래로 보아, 세금계산서를 발급받고 부가가치세를 양도인에게 지급했는데, 실질적으로 포괄양수도로 확인되면 국세청은 양수인에게 부가가치세를 환급해 주지 않는다.

포괄사업양수도를 과세거래로 보지 않을 수 있다고 다소 여유 있게 정해 놓았다면 좋았겠지만, 포괄사업양수도를 과세거래로 보지 않는다고 못박아 뒀기 때문에 과세거래가 아닌 거래에 세금계산서를 발급했더라도, 적법한 세금계산서로 인정해줄 수 없는 것이다.

이런 문제를 없애기 위해 예전에는 포괄사업양수도라고 하더라도 양도인이 부가가치세를 신고 납부하는 경우에는 양수인에게 부가가치세를 환급해 줬었다.

하지만, 2014년부터는 포괄양수도임에도 불구하고 양도인이 세금계산서를 발급한 경우, 양수인이 부가가치세를 거래징수해서 대리납부하는 경우만 인정하도록 개정되었다. 따라서, 포괄사업양수도라면 사업양수인은 세금계산서를 수취하더라도 부가가치세는 사업자에게 지급하면 안 되고 직접 대리납부를 해야 한다.

결국 포괄사업양수도를 구분하는 것이 중요한데, 포괄사업양수도란 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하는 경우를 말하되, 권리와 의무에 사업과 직접 관련 없는 미수금과 미지급금은 제외해도 무방하다.

하지만, 포괄사업양수도 여부는 세무전문가에게 확인하고 진행하는 것이 좋다. 일반적인 상가 매매계약서에는 특약사항으로 포괄양수도라고 명시하는 경우가 많은데, 사업장을 인수해서 다른 업종을 영위한다거나, 종업원을 승계하지 않는 등의 이유로 포괄양수도가 되지 않는 경우가 많으며, 동일한 사업자번호로 두개의 동종 또는 이종 사업을 하다가 사업 일부만 양도하는 경우 포괄양수도라고 생각하지 않는 경우가 많은데, 상황에 따라서 포괄사업양수도로 볼 여지가 있기 때문이다.