인천시가 기업에게 부과한 지방세는 못 받고 대신 수백억 원의 세금을 물어내야 할 위기에 처했다.

인천시는 인천 지역 향토기업인 OCI(옛 동양제철화학)의 자회사 DCRE와 취득세 등 부과처분 관련한 2심 소송에서 승소 가능성이 불투명한 것으로 보인다.

2008년 동양제철화학은 부동산개발을 목적으로 DCRE을 세울 당시 기업을 분할하면서 법인세법에 따른 적격 분할로 신고했었다.

관할인 인천 남구청은 조세특례제한법상 적법한 절차에 따라 사업이 승계됐다고 판단, DCRE가 내야 할 취·등록세 등 약 500억원의 지방세를 감면해줬다.

그러나 2011년 시는 감사를 시작하면서 OCI가 세금 감면 조건인 ‘포괄적 승계 원칙’을 어기고 일부 부채를 승계하지 않았다며 즉각 가산금 약 1천200억 원을 추가, 약 1천700억 원의 취·등록세 추징에 들어갔다.

DRCE는 시의 지방세 부과는 부당하다며 2012년 조세심판원에 지방세 부과처분 취소 심판을 청구, 1심에서 승소했다.

또 인천시는 SK인천석유화학과도 기업분할 적법 여부에 대한 약 2천700억원대 심사 중에 있다.

시는 2011년 SK이노베이션이 4개 기업으로 분할하는 과정에서 SK인천석유화학과 SK에너지에 취득세를 감면해 줬지만, 지난해 기업 분할 감면 대상이 아니라고 뒤늦게 판단, 두 회사에게 약 2천700억 원 규모의 과세 예고를 통보했다.

SK는 이에 과세 전 적부심사를 요청, 지난 19일 지방세심의위원회에서 SK의 기업분할 적법 여부는 별다른 문제가 없는 것으로 나타나 과세의 취소가 결정됐다.

인천시는 DCRE, SK 등으로부터 4천400억 원대의 세수입을 확보하기 어려워진 상황에서 이번에는 역으로 국세청으로부터 세금폭탄을 맞았다.

중부지방국세청은 인천시가 2012년 인천터미널을 롯데에게 매각할 당시 불어난 감정평가액을 거래 차익으로 보고, 작년 말 인천시 산하 공기업 인천교통공사에게 법인세와 부가가치세 등 894억5천300만원을 부과했다.

시는 교통공사가 조세 회피 목적으로 자산을 실제 가치보다 낮은 금액으로 넘긴 것이 아니라며 법인세 부과처분 취소를 위한 조세심판을 청구, ‘조세불복 전담팀’을 구성해 법적 대응을 준비하고 있다.

인천시가 DCRE와의 소송에 이어 국세청과의 조세심판에서도 최종 패배하는 최악의 경우가 온다면 시는 재정운용에 심각한 타격을 입게 될 전망이다.

시 관계자는 “1심 판결에서 지긴 했지만 OCI 기업 분할에 문제가 없다는 취지는 아니기 때문에 항소심에서 충분히 승산이 있다고 본다”며 “인천터미널 매각 또한 관련 법령에 따라 적법하게 진행했기 때문에 과세 불복 대응으로 정당한 권리를 구제받을 것”이라고 말했다.

/김현진기자 khj@