연구인력개발비 세액공제는 연구개발에 지출된 금액에 대해 법인세나 개인종합소득세(사업소득)에서 세액공제를 해 주는 것을 말한다.

중소기업의 경우, 당해 발생한 연구비의 25%를 세금에서 공제받을 수 있어 중소기업으로선 매우 매력적인 세액공제 항목이다.

실제로 연구개발을 하고 있으면서도 몰라서 세액공제를 못받는 경우가 있는 반면, 세액공제 대상이 아닌 비용에 대해서도 세액공제를 신청했다가 나중에 추징당하는 사례가 있다. 이에 연구개발비 세액공제에 대해 주의할 점을 살펴보도록 한다.

연구소나 연구전담부서에서 근무하는 연구원의 인건비는 세액공제 대상이다. 즉, 연구소나 연구전담부서를 설치해야만 세액공제를 받을 수 있는 것이다.

연구소등을 설치하기 위해서는 독립적인 공간과 연구전담요원이 있어야 한다. 연구전담부서는 연구원 1명만 있어도 설치가 가능하므로 실제 연구비를 지출하고 있는 중소기업이라면 연구소 설치를 적극 고려해 봐야 한다.

물론 내부적으로 설치했다고 해서 설치된 것은 아니고, 한국산업기술진흥협회 홈페이지에서 온라인으로 신청해 인증서를 발급받아야 하고, 인증서가 유효한 기간에 대한 비용만 세액공제 대상이 된다.

연구소 등에 근무하더라도 연구개발과제를 직접 수행하거나 보조하지 않고 행정사무(시장조사, 판촉, 일상적인 품질시험, 반복적인 정보수집활동, 경영관련조사분석, 특허권의 신청 등 행정업무, 광물 등 자원매장량 및 위치의 조사, 위탁 받아 수행하는 연구활동)를 담당하는 자의 인건비는 세액공제 대상이 아니다.

세무조사를 통해 각 연구원의 해외 체류기간, 연구와 관련 없는 서류에 서명했는지 여부 등을 조사해 실제로 연구에만 전담하지 않고 다른 업무를 수행한 증거가 발견된다면 세액공제 대상 인건비에서 제외될 수 있다.

또 주주인 임원, 법인의 지분 10% 이상을 소유한 임원 및 그 특수관계자, 법인의 지배주주(특수관계자 지분을 합해 가장 많은 지분을 보유하는 특수관계자 그룹의 구성원 각각)인 임원 및 그 특수관계자에 대한 인건비도 공제 대상이 아니다.

따라서 실제 대주주인 대표이사가 대부분의 연구를 한다고 하더라도 대표이사의 인건비는 공제 대상이 아니다. 참고로 대표이사는 주주가 아니더라도 연구에만 전담할 수는 없으므로 당연히 공제대상이 아니다.